Bab VI berjudul Pemerintah Daerah dan berisi tiga pasal, yaitu Pasal 18, Pasal 18A, dan Pasal 18B. Ketiganya masuk lewat Perubahan Kedua yang ditetapkan pada 18 Agustus 2000. Pasal 18 memuat tujuh ayat yang mengatur pembagian daerah, kewenangan, dan perangkat pemerintahan daerah.
| Ayat Pasal 18 | Isi yang tertulis |
|---|---|
| (1) | Negara Kesatuan Republik Indonesia dibagi atas daerah-daerah provinsi, dan daerah provinsi dibagi atas kabupaten dan kota |
| (2) | Pemerintahan daerah provinsi, kabupaten, dan kota mengatur dan mengurus sendiri urusan pemerintahan dengan asas otonomi dan tugas pembantuan |
| (3) | Pemerintahan daerah provinsi, kabupaten, dan kota memiliki Dewan Perwakilan Rakyat Daerah yang anggotanya dipilih melalui pemilihan umum |
| (4) | Gubernur, Bupati, dan Walikota sebagai kepala pemerintah daerah dipilih secara demokratis |
| (5) | Pemerintah daerah menjalankan otonomi seluas-luasnya, kecuali urusan pemerintahan yang oleh undang-undang ditentukan sebagai urusan Pemerintah Pusat |
| (6) | Pemerintahan daerah berhak menetapkan peraturan daerah dan peraturan lain untuk melaksanakan otonomi dan tugas pembantuan |
| (7) | Susunan dan tata cara penyelenggaraan pemerintahan daerah diatur dalam undang-undang |
Pasal 18A mengatur hubungan wewenang dan hubungan keuangan antara pemerintah pusat dan pemerintahan daerah, dengan memperhatikan kekhususan dan keragaman daerah. Pasal 18B ayat (1) menyatakan negara mengakui dan menghormati satuan pemerintahan daerah yang bersifat khusus atau istimewa, dan ayat (2) menyatakan negara mengakui serta menghormati kesatuan masyarakat hukum adat beserta hak tradisionalnya sepanjang masih hidup dan sejalan dengan perkembangan masyarakat.
